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表現系データベース構築

• 大腸菌のDNAマイクロアレイによる機能未知遺伝子の解析結果に加え、さまざまな環境中での組換え大腸菌の挙動を網羅的に解析する、Phenotype Microarrayによる表現型データを鑑みた有用遺伝子データベースを構築しました。

これまでの取り組み

• 平成17年度は、主に代謝系酵素遺伝子を欠失させた変異株107 株、野生株1株の表現系を解析し、グラフクラスタリング法を用いてクラスタリング解析を行いました。その結果、代謝マップ上で近傍にある遺伝子が同一クラスタ に分類される、とうい興味深い傾向が見られました。
• 平成18年度はさらに、代謝系酵素遺伝子及び機能未知遺伝子などを欠失させた42の変異株について表現型解 析を行い、前年度の結果と合わせて159 株のクラスタリング解析の検証及び新たな解析手法の導出を試みました。また、すべての表現系解析の結果をデータベース化し、Ｗｅｂによる公開を開始しました。

サービス

• 大腸菌遺伝子欠損株及び有用性データベースの販売
• 受託解析サービスの提供

表現型データベースのTime Oriented解析結果例

SNP及び表現型データベースの解析結果